Sejarah Pura Ntegana ini tidak lepas dari perjalanan kerajaan purusada ke bali. Mengutip dari Buku “Purana Pura Kahyangan Jagat Ntegana” oleh Pengepon Pura Ntegana, yang menjadi salah satu dokumen tertulis terkait berdirinya pura Ntegana adalah Purana yang asli yamg berbahan tembaga. Sebagai berikut :
Pada masa kedewatan, Shri Maharaja Sek Sukaranti memimpin Kerajaan Purusada. Beliau diturunkan oleh Sanghyang Siwa Raditya dan Sanghyang Wulan, serta memiliki putra bernama Shri Maharaja Purusada. Maharaja Purusada memiliki dua putra, Sanghyang Jayenrana dan Shri Nuk Wasir. Sanghyang Jayenrana menikah dengan Dewi Kekasih, sedangkan Shri Nuk Wasir dengan Sanghyang Nawengrum, menglahirkan Maharaja Sek Sukaranti.
Sek Sukaranti memiliki dua putra, Shri Nukruwa adalah Raja Gowan yang berperilaku seperti kera, dan Shri Nuk Wasininda yang senang berkelana dan akhirnya tiba di Bali. Kehadirannya membuat Bali tentram. Maharaja Jayengrat berniat kembali ke alam niskala, tetapi terjadi konflik dengan Ki Patih Dhemang Copong yang ingin menjamah Dewi Manik Galih. Dewi Manik Galih memutuskan untuk ikut masatya gni.
Setelah peristiwa tersebut, Maharaja Sek Sukaranti memerintahkan pembuatan dua patung untuk ditanam di candi. Abunya Dewi Manik Galih diupacarai menjadi Agama Tirtha dan dibuang ke laut. Rombongan yang dipimpin oleh Shri Sukaranti dan Ki Patih Dhemang Copong menuju Bali, dan di sana mendirikan Jong Karem (Desa Kapal) sebagai tempat pemujaan.
Terdengar sabda dari Bhatara Siwa dan Shri Maharaja Purusada untuk tidak melupakan pesannya. Setelah upacara penghayutan, masyarakat mendirikan tempat pemujaan yang dinamai Nteg Hana. Pura-pura lain juga didirikan di Bali oleh para pengikutnya, termasuk Pura Kentel Gumi. Hal ini memberikan kedamaian dan ketentraman bagi Bali hingga saat ini.
Nama Pura Ntegana terdiri dari dua kata yaitu “Nteg” dan “Gana”, Nteg yang bearti kuat, teguh sedangkan Gana sama Ganesha. Informasi yang di dapatkan menyubutkan bahwa kata “Nteg” beratti aman, tenang dan “gana” dihubungkan dengan arca Ganesha yang terdapat di pelinggih gedhong kunci yang di perbelohkan masuk ke dalam Gedhong kunci tersebut hanya Jro Mangku Pura Ntegana saja.
Pura ini sudah ada sejak jaman dahulu, karena terjadinya gempa bumi yang sangat dahsyat, maka semua bangunan yang ada di dalam pura ini hancur hanya tinggal bagian pondasinya saja. Sebagaimana di katakan bahwa gempa bumi pada tahun 1917 (akibat melutusnya Gunung Batur) telah merusak lebih dari 2400 Pura di bali. Awalnya Pura Ntegana ini bernama Pura Aban yang disungsung oleh masyarakat Desa Aban waktu itu. Kehancuran pura akibat gempa bumi pada saat itu tidak menyrutkan hati masyarakat penyungsung untuk memperbaiki bangunan suci tersebut, maka dibangunglah kembali pura terutama prasada ini kembali pada tahun 1949 dengan motif yang menirukan Pura Purusada di kapal dengan pembangunan Pura Ini disesuaikan dengan bentuk aslinya.
Pada saat akan membangun pura ini kembali, wilayah tempat pura ini ditumbuhi oleh pohon yang cukup besar bernama pohon kayu kuang, hingga disebut Pura Batan Kuang. Pada saat penebangan pohon itu ditemukan adanya arca Ganesha. Arca ini diangkat dan dibuatkan sebuah pelinggih berupa gedhong yang dinamai oleh masyarakat sebagai Gedhong Kunci. Dalam cerita turun- temurun ini maka Pura ini diisebut Pura Ntegana sebagai tempat masyarakat untuk memohon ketenangan, keamanan dan terhindar dari mara bahaya.
Pura Ntegana merupakan bagian dari Pura Kahyangan Jagat yang berlokasi di Desa Adat Tegal, Desa Darmasaba, Kecamatan Abiansemal, Kabupaten Badung, dari pusat pemerintahan Kabupaten Badung sekitar 6 km dan dari kota denpasar sekitar 8 km. Lokasi pura yang berada di persawahan yang membuat lingkungan sekitar Pura Ntegana berasa asri dan sejuk.
Pura Ntegana ini dikelola oleh 500 sepaon yang tersebar di banjar-banjar yang ada di Desa adat tegal ini.